Wenn neben dem Shopify Webshop noch andere online Vertriebswege bedient werden, z.B. Amazon, Ebay oder auch POS Systeme, sind einige Herausforderungen in der Administration zu bewältigen. Von welchem Produkt gibt es wie viel Bestand, wo wurde eine Bestellung aufgegeben, Rechnungen müssen zentral zusammengeführt werden. Klassische Warenwirtschaftssysteme sind oft umständlich in der Einführung und behäbig in der Administration.